La Asociación de Limnología del Uruguay efectuó varios cuestionamientos al Proyecto Neptuno y consideró que «no cumplirá con el objetivo de reforzar el sistema de abastecimiento metropolitano». La entidad nuclea a medio centenar de profesionales dedicados al estudio de los ecosistemas acuáticos, que van desde investigadores de la UDELAR hasta técnicos que cumplen